医学与生命科学学部
生命科学学院
系：- 生物学系
- 生物化学系
- 细胞生物学系
- 遗传与发育生物学系
- 免疫与微生物学系
- 分子诊断工程研究中心
- 教育部寄生动物学研究室（18新利体育官网）
- 福建省医学分子病毒研究中心
- 福建省药物工程实验室
- 厦门市医学分子病毒研究中心
- 厦门市海洋微生物新药工程技术研究中心
- 厦门市植物遗传重点实验室
公共卫生学院
药学院
系：- 药学系
- 教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队
- 福建省药学人才培养创新实验区
- 福建省药学实验教学示范中心
- 海洋活性物质功能
- 质量和安全性评价技术平台
- 厦门化学创新药研发平台
- 厦门市代谢性疾病重点实验室
- 厦门市手性药物重点实验室
- 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室
- 厦门生物医药协同创新中心
- 厦门市靶点新药工程技术研究中心
- 厦门市林下中药资源工程技术研究中心
- 厦门化学创新药研发重大平台（技术支撑单位）
医学院
系：- 临床医学系
- 中医学系
- 护理学系
- 眼视光系
- 基础医学部
- 福建省眼科与视觉科学重点实验室
- 福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室
- 18新利体育官网抗癌研究中心
- 福建省基础医学实验教学示范中心
- 福建省药学实验教学示范中心
- 海峡（厦门）中医药科技平台
- 厦门市手性药物重点实验室
- 18新利体育官网眼科研究所
- 18新利体育官网消化疾病研究所
- 18新利体育官网器官移植研究所
- 18新利体育官网附属中山医院
- 18新利体育官网附属东南医院
- 18新利体育官网附属厦门眼科中心
- 18新利体育官网附属东方医院
- 18新利体育官网附属第一医院
- 18新利体育官网附属成功医院
- 医学院教学实验中心
- 中医药研究中心